本发明是一种反硝化滤池系统及其过滤方法，该反硝化滤池系统包括预处理单元(1)、淹没深式生物滤池单元(2)、淹没曝气生物滤池单元(3)、净化单元(4)和反硝化深床滤池单元(5)，上述各单元通过连接管线依次连通设置，所述预处理单元(1)设置有格栅和金属网筛；所述淹没深式生物滤池单元(2)是4座升流式缺氧生物脱氮反应器，淹没曝气生物滤池单元(3)是4座升流式固定生物膜好氧生物反应器，所述反硝化深床滤池单元(5)为重力流固定床式滤池，包括依次由池壁隔开的八组过滤池，过滤池池底设有集水池。过滤方法是废水依次通过上述单元过滤。本发明反应效率高，具有高度的脱氮功能，对水质水量的变化有较强的适应性。