本发明公开流动水域原位脱氮反应器包括沿水流方向依次设置在河床上的沉砂池、跌水坝、反应池和鹅卵石堆成的挡水墙，反应池的下层填充木屑层、在木屑层的底部靠近鹅卵石挡水墙处铺设用于收集脱氮尾水的PVC管，PVC管出水口与软质排水暗管相连，该软质排水暗管穿过鹅卵石挡水墙下方的河床底部露于鹅卵石挡水墙下游河床表面，在其出水口安装排水龙头，在木屑层的上面并列铺设粘砂层和砾石层，其中粘砂层靠近挡水墙，砾石层靠近跌水坝。本反应器就地取材，建造简单、费用低廉，可利用流动水域自上而下的落差变化进行沉砂和跌水充氧处理，实现污染水域的持续处理和净化。可以有效去除入（湖）库溪流、排水沟渠、城市河道等流动水域中的高浓度氮。