本发明公开了属于土壤氮素养分管理技术领域的一种小麦-玉米轮作体系中有效减少氮肥施用量的方法。该方法包括锰锌微量元素肥料拌种，施用氮肥的同时添加硝化抑制剂和包膜控释氮肥，以及硼肥的叶面追施。本发明实现了小麦-玉米种植体系中氮肥的一次施用，节省劳动力，且材料极易获得，操作过程简单，施用方法简便，成本较低，利于推广，具有良好的应用前景；本发明显著降低氮肥施用量，较传统施肥小麦、玉米种植减少氮肥用量20%以上，显著减少氮素养分的损失，缓解对水体和大气环境的污染，减少环境风险，符合农业可持续发展需要。