本发明公开了一种草甘膦废水的处理方法，首先将甘膦废水用盐酸调节溶液的pH值约为1.0，然后采用吸附法得到澄清透明滤液；其次加入氯化钙，控制滤液的pH值大于8.0，过滤，分离出有机钙沉淀物；之后将得到的滤液pH值调节溶液至4.0-5.0，再加入氢氧化铁颗粒，过滤分离出棕黄色固体沉淀；最后将滤液用氢氧化钠调节pH值约为7.0-8.0，再加入过渡金属离子，通过螯合树脂得到完全处理后的草甘膦废水。本发明整个流程操作简单，成本较低，可行性较大，特别是本发明利用氢氧化铁对少量的草甘膦进行络合沉淀；以及基于络合原理，利用螯合树脂对废水中少量有机物进行吸附处理，使完全处理后的废水中磷的含量低于1.0mg/L; 碳的含量低于100mg/L；氮的含量低于20mg/L；COD小于200mg/L。