本发明公开了一种复合生物絮凝剂及其制备方法和应用，将微生物絮凝剂和天然高分子阴离子改性絮凝剂复合，制备得到复合生物絮凝剂；所述天然高分子阴离子改性絮凝剂是由含胶木粉通过羧甲基改性得到；所述微生物絮凝剂是由烟曲霉原变种（Aspergillus fumigatus）HHE-A8发酵产生，所述烟曲霉菌由中国典型培养物保藏中心保藏，其简称为CCTCC，保藏编号为：CCTCC NO:M2012081，保藏日期为2012年3月14日。将本发明制得的复合生物絮凝剂与聚合氯化铝复配使用，絮凝效果好,能大幅度减少絮凝剂用量,出水含铝浓度低，可以用于处理烟草废水、藻类废水、洗矿废水、淀粉废水等。