本发明为一种泡沫分离法浓缩大豆蛋白废水中大豆异黄酮的工艺，包括以下步骤：第一步，生产大豆蛋白产生的废水的收集和检测；第二步，生产大豆蛋白废水的pH调节；第三步，三级泡沫分离工艺。本发明既能大幅提高大豆异黄酮的浓缩比（大豆异黄酮的浓缩比为5.8～11.0），又能增大回收率（大豆异黄酮的回收率为80～90%）。