本发明公开了一种复合微生物絮凝剂的制备方法，所述复合微生物絮凝剂包括胶冻样芽孢杆菌(Bacillus mucilaginosus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、酿酒酵母菌(Saccharomyces cerevisiae)和异生青霉菌(Penicillium diversum)，在所述复合微生物絮凝剂中，微生物的总菌数为10亿/克以上，所述胶冻样芽孢杆菌的菌数占总菌数的百分比为30%～50%，所述枯草芽孢杆菌的菌数占总菌数的百分比为10%～25%，所述酿酒酵母菌的菌数占总菌数的百分比为20%～40%，所述异生青霉菌的菌数占总菌数的百分比为10%～20%。该方法包括以下步骤：放大培养、复合微生物絮凝剂固化。本发明提高了复合絮凝微生物的存活率。