本发明公开了一种除藻剂及其制备方法和应用。该除藻剂含有HCl、淀粉、膨胀蛭石和水，相对于100重量份的膨胀蛭石，HCl的含量为7-13重量份，膨胀蛭石的含量为7-13重量份，膨胀蛭石的粒径小于100μm。该除藻剂的制备方法包括将HCl、淀粉、膨胀蛭石和水进行混合，相对于100重量份的淀粉，HCl的用量为7-13重量份，膨胀蛭石的用量为7-13重量份，膨胀蛭石的粒径小于100μm。本发明提供的除藻剂对有害藻类的去除率可以高达99.89%。