本发明公开了溴苯腈还原脱卤酶基因簇bhbA2B2及其应用，属于应用环境微生物学领域。本发明提供了除草剂溴苯腈及其腈水解产物3,5‐二溴4‐羟基苯甲酸还原脱卤酶基因簇，核苷酸序列为SEQ ID NO.5，主要由细胞膜结合受体蛋白基因bhbB2和溴苯腈还原脱卤酶基因bhbA2构成，其中含有序列为SEQ ID NO.1所示的溴苯腈还原脱卤酶基因，为新的还原脱卤酶基因资源。利用该基因簇构建的功能互补菌株Comamonas sp.2B‐bhbA2B2能表达还原脱卤酶，可用于土壤、水体和农作物上的溴苯腈及其腈水解产物的还原脱卤。