本发明为一种水体生态净化系统和水体生态净化方法。本发明是在水体边缘设置隔墙，在隔墙围成的水域内设置水草生长区与鱼类生长区，将水草生长区与鱼类生长区由隔网横向或竖向隔离，在水草生长区的种植土中种植沉水植物，不同颜色和株形的沉水植物进行拼图，营造水底景观，在鱼类生长区中生长着搭配合理能建立稳定生态链的水生动物，在水中还按比例分布生物基。本发明构建成沉水植物-水生动物共生水质净化系统，沉水植物具有控制富营养化的功能，本发明可使水体形成稳定生物链，具有净化水体的效果。