本发明涉及一种甜樱桃砧木脱毒方法，包括步骤：1)取田间甜樱桃砧木叶芽作为组培用外植体，经消毒、培养，获得组培苗，2)继代培养，3)热处理，4)预培养、装载，5)玻璃化，6)冷冻，7)冷冻后进行水浴解冻，后进行恢复处理1-2次，然后进行诱导成苗；8)诱导成苗，9)病毒检测。本发明利用热处理结合超低温冷冻疗法脱除甜樱桃砧木李属坏死环斑病毒获得的‘吉塞拉6号’脱毒苗病毒脱除彻底，剥取茎尖易于操作，在促进甜樱桃产业健康持续发展方面具有广泛的应用价值。