本发明涉及一种复合微生物制剂及其在处理废水中的应用。本发明采用的菌种可以由本领域技术人员通过常规菌种鉴定分离方法方便地从自然界分离得到的，或通过商业渠道公开购买的菌种。将各培养液与微生物载体按一定比例混合后得到复合微生物制剂。本发明可直接向生化反应器中一次性投加复合型微生物制剂，从而能有效促进微生物系统完整食物链的建立，促进微生物对水中营养物质的利用，实现有机物（CODcr）、氨氮等污染物质的高效去除。