本发明公开了一种封闭式恒温多层水循环龟鳖养殖系统，包括多层龟鳖养殖池装置，养殖水环境调节装置，室内空气环境调节装置，养殖系统运行控制装置，所述多层龟鳖养殖池装置包括多个龟鳖养殖池，循环水回水管，循环水出水支管，循环水出水主管，初级固液沉淀装置，排污阀，排污放空管；养殖水环境调节装置包括固液分离器，排污阀，消毒器，蛋白分离器，生物过滤器或池，循环泵，水增温装置；室内空气环境调节装置包括空气加热装置，空气增氧装置，保温建筑。本发明能够实现对龟鳖养殖环境全面综合的控制，节约用地，节约用水，节约能源，建立适宜龟鳖快速生长的最优生态环境，确保龟鳖养殖不用药物，符合健康、安全的食品卫生要求。