本发明旋流分区式船舶压载水处理装置涉及一种船舶压载装置中对压载水进行杀菌处理的装置。其目的是为了提供一种处理效果更好的旋流分区式船舶压载水处理装置。本发明呈圆筒形，圆筒顶壁上设有隧柱式声化学超声波系统（1），侧壁上靠近顶壁处设有一压载水入口（2），压载水入口通道的方向与圆筒横截面上压载水入口处的切线方向相同，圆筒中部（4）内径小于上、下部（3、5）内径，圆筒中部内侧壁上设有若干紫外线灭菌器（6），圆筒下部侧壁上设有压载水出口（7），圆筒下部通过管路与一惰性气体罐（8）相连通，圆筒底端密封，圆筒的上、中、下部分别为初杀菌区、强力杀菌区、紧急灭菌排出区，压载水出口位于紧急灭菌排出区。