本发明公开了一种废水处理微生物菌剂及其制备方法，微生物菌剂含有沼泽考克氏菌（Kocuriapalustris）FSDN-A、节杆菌（Arthrobactercreatinolyticus）FDN-1、水氏黄杆菌（Flavobacteriummizutaii）FDN-2、脱氮副球菌(Paracoccusdenitrificans)DN-3和甲基杆菌(Methylobacteriumphyllosphaerae)SDN-3，五种菌株的保藏登记号分别为CGMCC NO.5061、CGMCC No.3657、CGMCC No.3659、CGMCC No.3658和CGMCC No.3660。该微生物菌剂能实现同一反应器内氨氮、总氮和CODcr的脱除，废水处理效果好，可以在去除COD的同时实现短程硝化反硝化或同时硝化反硝化脱氮。沼泽考克氏菌FSDN-A能利用亚硝氮和硝氮两种氮氧化物，可以使废水处理系统脱氮更彻底，在竞争底物过程中增值速度慢，有利于污泥减量，这进一步拓宽了微生物菌剂的应用范围。