本发明公开了一种耐盐微生物菌剂及其制备方法，微生物菌剂含有科氏葡萄球菌FSDN-C、节杆菌FDN-1、水氏黄杆菌FDN-2、脱氮副球菌DN-3和甲基杆菌SDN-3。该微生物菌剂能实现同一反应器内氨氮、总氮和CODcr的脱除，废水处理效果好，可以在去除COD的同时实现短程硝化反硝化或同时硝化反硝化脱氮。科氏葡萄球菌FSDN-C能利用多种碳源、具有一定的耐盐性能，可应用于高含盐废水的处理过程中，同时该菌株能在环境刺激下分泌一种物质增强污泥的絮凝性。这进一步拓宽了微生物菌剂的应用范围。