本发明公开了一种生物智能除臭马桶的搅拌装置，包括位于发酵仓中、竖直安装的搅拌轴，搅拌轴与驱动装置连接，搅拌轴上设置搅拌叶片，搅拌叶片上设有搅拌齿；搅拌叶片的分布方式是单层导向搅耙方式、分层搅拌方式或分层螺旋搅拌方式；所述单层导向搅耙方式的搅拌叶片均匀分布在同一层圆周上，每一搅拌叶片连接有竖直或倾斜的搅拌齿及排泄物导向片；所述分层搅拌方式即为多个单层导向搅耙方式的垂直组合；所述分层螺旋搅拌装置方式即为单层导向搅耙方式与螺旋形布置搅拌叶片的组合。本发明结构合理，通过改进搅拌叶片的结构和排布方式来实现分层搅拌，同时解决了排泄物板结在发酵仓底部的问题，从而实现对排泄物的合理搅拌。