本发明赖氨酸芽孢杆菌及其降解MC-LR的方法，属于环保水处理技术领域。提供了纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis），保藏编号为CGMCC NO.6107。本发明还提供了利用纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis）菌种降解MC-LR的方法。赖氨酸芽孢杆菌能与蓝藻共生，能够适应自然环境，且该菌对MC-LR的分解利用具有专一性，外加碳源能够较大程度地促进其降解作用，对于利用微生物法去除长期遭受蓝藻水华污染的大面积水体中的MC-LR具有较广阔的应用前景。