本发明涉及一种用于净化河道污水的微生物菌剂及其制备方法，其包括下述重量份的组分：纳豆芽孢杆菌20～40份、硝化细菌10～30份、白腐真菌5～15份、假单胞菌5～15份、光合细菌10～40份。本发明的微生物菌剂具有适应性强，能快速形成优势菌群，补充水体土著菌；投入水中能降低污染河水的COD、NH₃-N、总氮、TP等，且能除臭除色；并能产生高活性生物酶，抑制有害菌的生长，加速分解残留饵料、动植物残体，具有显著的水质净化效果。