本发明公开了一种蛋白肠衣废水处理方法。依次设置碱水沉淀池、酸水储存池和沉淀上浮池；经碱水沉淀池沉淀之后的碱水与酸水储存池的酸水进行混合，混合之后的废水的pH值控制在6~9；混合之后的废水进入沉淀上浮池，在沉淀上浮池取出沉淀物及上浮物，即完成蛋白肠衣废水处理；所述沉淀物及上浮物的停留时间应不长于30天，根据实际处理需要停留时间越短越好。经过本发明方法处理后的废水达到了回收胶原蛋白以及有效降低废水中污染物的目的，同时本发明具有运行稳定、投资运行费用低和管理方便等优点。