本发明公开了一种海洋双菌共固定化体系的构建和造纸废水处理的方法。采用两种海洋真菌－微紫青霉菌和内生拟盘多毛孢菌进行共固定化。双菌共固定化体系和用于造纸废水处理的步骤为：（1）海洋微紫青霉菌菌丝球的制备：将微紫青霉菌接种到培养基中进行培养，形成具有一定机械强度的菌丝球；（2）共固定化菌丝球的制备：以海洋微紫青霉菌菌丝球为载体在含有一定海洋内生拟盘多毛孢菌J63孢子浓度的固定化培养基中进行固定化；（3）共固定化菌丝球用于造纸废水处理：将制得的共固定化菌丝球直接放入造纸废水中进行处理，得到纯清度好、几乎无色的水。本发明所开发的双菌共固定化方法，具有简单、快速、高效等优点，而且不需要进行任何物理或化学处理。