本发明公开了一种改性木质素的制备方法，包括以下步骤：以造纸厂产生的黑液废水为原料，先调节pH值至2～3，然后离心去上清液，洗涤沉淀物；再将沉淀物溶于碱液中，pH值调至2～3，然后离心去上清液，洗涤沉淀物，干燥，再采用⁶⁰Co-γ进行辐照处理，最后粉碎得到改性木质素。本发明的改性木质素可应用于淀粉糖化酶制剂生产中高蛋白废水的处理，先将废水的pH值调节至8.0～9.0，再投加改性木质素，充分沉降后离心，进行固液分离，分离的液体经活性碳抽滤处理后用于淀粉糖化酶制剂生产中作为循环冷却水，分离后的沉积物作为蛋白饲料使用。本发明具有工艺过程简单、产品性能优异、废水处理成本低且处理效果好等优点。