本发明提供了一种用红豆杉种子内生菌产生紫杉醇的方法，以红豆杉种子为外植体，经灭菌、接种后，再经二次灭菌，培养一段时间后，挑取种子周围的内生真菌，置于PDA固体培养基进行培养，然后挑取部分菌斑置于PDA液体培养。用纱布过滤发酵物，将滤液部分用乙酸乙酯萃取。过滤后用旋转蒸发器在35℃下减压蒸馏，溶解于少量甲醇中，得到含有紫杉醇的甲醇溶液。本发明应用真菌培养技术克服红豆杉植株生长缓慢、紫杉醇化学合成复杂的问题，为进行工厂化真菌发酵生产紫杉醇提供基础，环境友好，原料丰富，可很好缓解市场对紫杉醇供应缺口大的问题。