本发明属于植物提取技术领域，公开了一种薇菜废水处理液、其制备方法和应用。本发明所提供的薇菜废水处理液中硒离子的含量为0.05mg/L～0.30mg/L，其制备方法为：将薇菜与水混合，加热，收集液体，得薇菜废水；将该薇菜废水，经第一过滤，收集第一滤液，将该第一滤液在90℃～100℃条件下加热30min～60min，采用截留分子量为20KDa的超滤膜第二过滤，收集第二滤液，浓缩，即得。本发明提供的薇菜废水处理液充分利用了薇菜废水资源，制备工艺简单，且其中含有丰富的硒离子，能够应用于制备含硒离子的药物或饮料。