双基型甲硝唑改性双季铵盐杀菌剂及其制备方法，向反应器中加入十二烷基二甲基叔胺、1,4-二溴丁烷以及异丙醇，然后搅拌升温至80-87℃，保温反应直到反应体系呈淡黄色，得到反应液A；将反应液A冷却至50-80℃，然后加入NaOH溶液以及甲硝唑，保温反应至所得溶液呈棕色或深褐色，得到反应液B；反复向反应液B中加入无水乙醇至反应液B上层有膏状固体析出，下层液体中有沉淀析出，然后收集上层析出的膏状固体，并除去下层液体中的沉淀；合并收集的膏状固体，然后在真空干燥，即得双基型甲硝唑改性双季铵盐杀菌剂。该杀菌剂是一种环保型杀菌剂，杀菌效果优于传统杀菌剂，具有广谱性和良好的粘泥剥离效果和缓蚀性能。