本发明公开了一种电吸附模块改性系统及方法，涉及水处理领域，用以解决现有电吸附系统长期运行过程中由于表面副反应效应的累积，影响电吸附模块除盐效率的问题。系统包括：成闭环连接的胺类容器、泵和电吸附模块，以及与所述电吸附模块电连接的电控装置；胺类容器，其中装有含胺基的胺类物质溶液；电吸附模块，该电吸附模块为待改性的电吸附模块；泵，用于使胺类容器中的胺类物质溶液在电吸附模块内循环流动；电控装置，用于对电吸附模块交替执行加电和短接操作至预设的周期数，以改变电吸附模块表面的性质。通过本发明的技术可使电吸附系统长期、稳定运行，并延长电吸附模块的使用寿命。