本发明提供了一种水上除藻设备，包括：吸取装置，用于吸取含藻水体；藻类富集装置，设置在吸取装置的下游，藻类富集装置将吸取装置排出的含藻水体内的藻类收集起来；脱水装置，藻类富集装置收集到的藻类进入脱水装置内，由脱水装置脱水；船体，吸取装置、藻类富集装置和脱水装置设置在船体上。本发明体积小巧、具有很大的灵活性，特别适用于在小型湖泊水库以及景观水域使用，具有结构简单、成本低、操作方便、除藻效果好、不会给水域带来二次污染的特点。