本发明涉及6-氨基青霉烷酸降解细菌及其筛选方法。具体而言，本发明涉及一株6-氨基青霉烷酸降解细菌Bordetella sp.L2，其于2012年10月18日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心保藏，保藏编号为CGMCC No.6691，其16S rRNA基因序列GenBank注册号为HQ840720。其为需氧短杆菌，在pH值为8.0时，其对6-氨基青霉烷酸（6-APA）的降解率约为28%。该菌株降解6-APA能力较强，对含6-APA头孢菌素产生废水的处理具有现实意义和重要的工程应用价值。