本发明公开一种非洲菊种质资源的保存方法，该方法包括选择舌状花刚开放至管状花已吐粉的非洲菊花朵，留花梗长5cm～6cm，经处理后的外植体通过诱导培养，两个不同配方的继代培养基连续继代培养，大棚内生根培养后，育苗袋培养及棚内栽种1年。一个保存周期可保存非洲菊种质资源达3～4年，种质资源材料的田间成活率达90％以上。该方法通过两种不同的继代培养基的依次继代培养和棚内复壮两个环节保存非洲菊种源，降低了激素因素、栽培环境等原因造成的种苗变异和品质退化问题，稳定地保存了非洲菊品质资源的优良性状，是一种新的、有效的非洲菊种质资源保存方法。