本发明公开了耐辐射奇球菌R1对孔雀石绿废水进行降解与脱色的方法，属微生物环境应用技术领域。方法包括：（1）种子液的培养；（2）发酵液的培养；（3）染料废水脱色等步骤工艺。本发明提供了耐辐射奇球菌R1的一种新的应用领域，其对孔雀石绿染料废水的脱色效率高，染料浓度100mg/L时，0.5h的脱色率达到99％以上，染料浓度500mg/L时，2h的脱色率达到95%；并对脱色降解产物进行分析明确了降解途径，经发光菌急性毒性实验表明该降解产物的毒性比降解前明显降低。本发明可在相关染色企业及研究机构中推广应用。