本发明公开了一种在固体发酵中进行固定化EM菌的方法，方法经1)载体的制备、2)发酵料配制、3)发酵制备EM菌剂、4)固定化的固体EM菌剂的制备四步骤制得固定化的EM菌。本发明和现有技术相比的有益效果是：1.本发明缩短了操作时间，提高了工作效率，节省了生产成本，比现有技术中只靠单一的吸附固定效果更好，解决了现有技术的吸附固定化细菌容易脱落问题。2.本发明通过载体的吸附和培养剂的粘附相结合制成的固定化EM菌制剂，使细菌能牢固地固定在载体纤维上，在水体中能够形成局部的种群优势，因此，对水质的作用时间长，效果明显。