本发明公开了一种利用复层网箱养殖海马的方法。本发明方法利用独立设计的复层网箱，使其满足海马养殖的必要条件，对海马进行大规模养殖。本发明方法可以对海马幼苗、中龄海马和亲本海马进行复合养殖，这一突破性的养殖模式可以最大程度的减少对海马饵料供应、水体充气等技术压力，大大降低了海马的养殖成本，同时，由于养殖环境条件非常稳定，在一定程度上也可以减少海马的意外死亡率。