本发明涉及一种不溶性高分子季铵盐类杀菌剂及其制备方法以及杀菌填充床，解决了现有不溶性高分子季铵盐类杀菌剂易溶于水，易起泡，重复利用性差，造成水体的二次污染的问题。技术方案包括将树脂依次进行溶胀反应、对磺酸基团进行修饰、接枝反应，季铵化反应得到不溶性高分子季铵盐类杀菌剂。该杀菌剂具有不溶于水，可以有效地避免二次污染、易再生、可重复利用、杀菌效果好、溶胀性好、安全无毒、使用寿命长的优点，特别适用于制备冶金行业回用中水消毒的杀菌填充床。