本发明公开一种河道型水库支流库湾水华消除及藻源净化装置及方法，包括水华消除单元、藻源净化单元和澄清单元。本发明巧妙借助了河道型水库支流库湾消落带周期性浸没与暴露的特点，依照消落带的地理特征修建，在低水位时安装维护十分方便；水华消除单元在高水位水华期间能快速分层定位消除水体中的水华；藻源净化单元一方面基于流体力学原理实现对水体流态的控制，辅助增强水华消除单元实施效果，另一方面用于破坏水中藻源微小细胞的生物活力，深度根除水中藻源微细胞；澄清单元采用橡胶坝，在非水华期间不影响河道主要天然功能。