本发明公开了一种去除微生物的水净化处理方法，包括：将电磁场发生器设置在换能器外，换能器包括水管以及缠绕于水管之上的至少两组绕组线圈；设置脉冲频率控制装置和脉冲强度控制装置，并通过导线与电磁场发生器连接；将电磁场发生器输出的脉冲信号通过换能器产生变频直流脉冲电磁场，利用变频直流脉冲电磁场对流经换能器中的水进行处理，去除水中微生物；其中，变频直流脉冲电磁场的频率范围为800Hz~60KHz，脉冲信号强度范围为0.5~10V。采用本发明，所述水净化处理方法利用变频直流脉冲电磁场进行流体处理，其能广泛有效地去除水中绝大部分微生物、杀菌灭藻。