本发明公开了一种医院污水处理系统，包括按污水流向依次通过管路连通的格栅井、预消毒池、化粪池、预曝气调节池、缺氧池、生物接触氧化池、竖流沉淀池、定量池、净水装置、接触消毒池、脱氯池，所述格栅井与医院污水排水管道连通，处理后的医院污水经脱氯池后排出。本发明自动化程度高，便于管理，减少操作人员，与传统的污水站管理系统相比，具有节能，减少运行时间，减少人员班次和劳动强度等优点，净化效果好，处理后排放指标达到国家排放标准。