本发明公开了一株类芽胞杆菌（Paenibacillussp.）PN-S435，保藏编号为CCTCCM2012422，能够将微囊藻毒素作为唯一碳源、氮源，可以高效降解微囊藻毒素。将原始出发菌株PV-3经低能氮离子注入-氯化锂复合诱变结合紫外线-氯化锂复合诱变后，初筛、复筛获得。本发明提供的菌株降解水体中MCs的能力可达到30.2mg/L.Day，相对于出发菌株提高了64.1%，该菌株可较大幅度提高降解水体中MCs的能力，经遗传稳定性试验证明其可应用于实际应用，治理水华爆发特别严重的水体，解除甚至避免藻毒素对饮用水安全构成的威胁。