一种甲醇芳构化工艺废水处理的系统，包括用于除去废水中大部分有机物的高温汽提装置、用于去除出高温汽提装置的废水中有机酸及部分有机物的碳介质吸收装置以及用于将出碳介质吸收装置的废水中的有机酸降低至痕量的一个阴离子交换系统，处理时，甲醇芳构化工艺废水首先进入高温汽提装置，在其中除去大量有机物和少量有机酸；然后在碳介质吸收装置中吸收进一步除去有机物和有机酸，最后废水进入阴离子交换系统去除有机酸，使排出废水中的有机酸的浓度小于20ppm，本发明不使用碱液中和能够降低废水中的盐含量，降低后续的处理和利用的困难；能够大幅缩短废水处理的流程，降低废水处理的投资，同时能耗低，碳介质易再生，寿命长，操作成本低。