本发明公开了一种利用铜绿微囊藻凝胶小球去除废水中二价镉的方法，它包括以下步骤：取一定量的二价镉废水并调节pH值为2.0～10.0，将一定量的铜绿微囊藻凝胶小球添加到废水中，每升废水中的添加量以铜绿微囊藻凝胶小球湿重计为10g~100g，在转速为50rpm～300rpm的恒温振荡器中反应0~24h，并控制反应温度为10℃～50℃，反应完成后将铜绿微囊藻凝胶小球从溶液中分离，完成对废水中二价镉的去除。本发明具有成本低、操作方便、处理效率高等优点。本发明可应用于电镀厂、冶炼厂、电子厂等废水的处理。