本发明提供一种耐高温淀粉基阻垢剂及其制备方法与应用。以重量百分比计，该耐高温淀粉基阻垢剂的原料组成包括：淀粉基体6-12%、丙烯酸12.6-14.7%、2-丙烯酰胺基-2-甲基丙磺酸3.6-9.6%、复合引发剂0.4-0.8%以及水余量。该耐高温淀粉基阻垢剂的制备方法包括以下步骤：在复合引发剂的作用下，将淀粉基体、丙烯酸和2-丙烯酰胺基-2-甲基丙磺酸，在50-60℃、搅拌条件下，进行聚合反应4-6h后，制备得到所述的耐高温淀粉基阻垢剂。本发明的耐高温淀粉基阻垢剂能够应用于油田水、工业用水和生活用水的阻垢工作。本发明的耐高温淀粉基阻垢剂具有耐高温、高效、无毒、无二次污染等特点。