本发明公开了一种用改性蓝藻处理含汞废水的方法，其特征在于：包括如下步骤：（1）对蓝藻进行酸化改性处理，获得改性蓝藻；（2）采用改性蓝藻处理废水；（3）检测废水上清液，合格后排放；（4）改性蓝藻的回收：将使用过的所述改性蓝藻过滤后放入解吸剂中解吸1h，过滤并冷干所述改性蓝藻。本发明所述方法采用的改性蓝藻原料来源于富营养化湖泊，易获取，同时合理利用了湖泊中大量繁殖或死亡的藻类，可以减少富营养化现象，减轻了湖泊富营养化的治理难度，本发明所述的利用改性蓝藻吸附去除含汞工业废水的方法操作工艺简单，使用方便。