本发明公开了一种鲢鱼、鳙鱼、鲴鱼和溞协同控制铜绿微囊藻的方法，属于水处理技术领域。本发明通过食物链关系来控制水体中铜绿微囊藻，鲢鱼、鳙鱼、鲴鱼和溞能直接滤食铜绿微囊藻，同时鲢鱼、鳙鱼和鲴鱼又能摄食溞，从而间接的消耗水体中的铜绿微囊藻，鱼、溞与铜绿微囊藻形成食物链关系；另外通过充分利用这三种鱼在水体垂直空间分布差异能控制水体上、中、下层铜绿微囊藻及底层铜绿微囊藻休眠体，可以更有效控制水体中铜绿微囊藻的含量，降低富营养化水平，有利于水体生态系统的平衡，同时通过捕捞鲢鱼、鳙鱼、鲴鱼，可以获得一定的经济价值，本发明具有成本低、简单易行、不产生二次污染等优点。