本发明涉及一种低分子果胶复合凝聚剂，包括以下质量份的组分：氯化钙：80～100份；氯化镁：20～0份，二种组分的总和为100份，该低分子果胶复合凝聚剂可在柑橘罐头生产中在线添加，并能使罐头加工酸碱去囊衣废液中的低分子果胶快速凝聚成较紧密的凝聚物，实现在线离心分离；采用本发明的低分子果胶复合凝析剂，凝析效果好，成本低廉，不影响低分子果胶的质量安全，对环境无不良影响。