本发明公开了一种水产养殖用复合微生物菌剂及应用。该菌剂由侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、粪链球菌、枯草芽孢杆菌和酵母菌五个菌群，按照1~4∶2~5∶0.8~2∶2~4∶0.2~1的重量份比混合制成。该产品具有良好的稳定性和高效性，施用过程中耗氧极低，能够快速沉降到水体底部，迅速降解养殖水体中的残饵、粪便、生物残体等有机污染物，有效改良水体底部环境，并显著降低养殖水体氨氮、亚硝酸盐含量。本发明对环境、人畜无毒无害、无残留，能够显著地改良底泥及净化养殖水体环境，同时还能提高水产动物的免疫力，减少发病率。