本发明公开了一种含全氟辛酸铵的废水处理系统，包括依次布置的超滤单元和纳滤单元，纳滤单元的输入端与超滤单元的透过液出口连接，纳滤单元的浓缩液出口与全氟辛酸铵浓缩液的收集装置相连，所述超滤单元的膜元件为板式膜，板式膜的膜板间隔布置在壳体内，所述壳体的内底面处、沿壳体的长度方向顺延设置有至少一个管体，管体的一端管口封闭，管体的另外一端管口与空气源相连，管体位于壳体内的管壁上设置有若干个贯穿管壁的气孔。通过在超滤单元的膜元件的壳体内设置管体，这样废水处理系统在运行过程中可以对超滤单元的膜元件进行曝气处理，从而避免树脂微粒等悬浮物富集在膜板的表面，防止膜元件污染和堵塞，以确保废水中的全氟辛酸铵得以顺利回收。