在清洁分离膜组件的方法中，其中在将含有硬度高于所述分离膜的颗粒的原水与无机絮凝剂混合并搅拌后通过分离膜进行过滤，以有效地减少空气洗涤过程中较高硬度颗粒对膜表面的磨蚀并抑制在连续进行过滤步骤时由在膜表面上含有高硬度颗粒的絮凝绒屑导致的滤饼过滤阻力，由此能够在低跨膜压下长时间稳定运行，（a）在过滤完成后将分离膜组件中的膜一次侧的水排放到系统外；随后（b）用含螯合剂的水填充分离膜组件中的膜一次侧一定时间；随后（c）将分离膜组件中的膜一次侧的含螯合剂的水排放到系统外；并随后（d）在进行其中将反洗水从分离膜组件的膜二次侧传送至膜一次侧的反洗的同时将分离膜组件中的反洗排水排出。