本发明提供一种黄姜皂素废水生化处理出水的电混凝深度处理系统及方法，以廉价铁板作为极板，通过电混凝产生的新生态铁氧化物的絮凝作用，有效去除色度和有机物，电混凝出水中投加次氯酸盐后，亚铁离子和有机物等与次氯酸盐进一步发生氧化还原反应，强化对水中色度和有机物的去除。该发明的处理方法依次包括如下步骤：电混凝；次氯酸盐氧化；斜板沉淀池固液分离；砂煤双层滤料过滤。本发明采用电混凝与次氯酸盐氧化相结合的方法，有效解决了传统的黄姜皂素废水生化处理出水中有机物和色度难以达标的难题，操作简单，易于对现有废水处理工艺进行改进，处理后水可以回用于黄姜皂素生产工艺，大大减轻了其对环境造成的污染，加强了水资源的可持续利用。