本发明涉及一种利用微生物定向产酶处理废水的方法，包括如下步骤和工艺条件：1)制备培养用营养液：有机营养1～10％、无机营养A类0.5～2％、无机营养B类0.1～0.5％、微量元素0.3～1.5％、生物生长素1.5～7％；2)制备活化微生物的培养液：由孢子态微生物、激活孢子态微生物所需的营养液、水组成；3)制备次生代谢用营养液：无机营养A类0.5～2％、无机营养B类0.1～0.5％、微量元素0.3～1.5％、生物生长素1.5～7％；4)制备刺激微生物次生代谢产酶培养液：由步骤二所得培养液、步骤三所得次生代谢用营养液、灭菌工业废水、灭菌除氯自来水组成；5)现场持续投加菌液。本发明通过次生代谢产酶，有效地提高系统对难降解有机物的去除能力和系统的稳定性。