本发明涉及适用于浅窄型混杂水河道的多级水质生态净化系统，可有效解决浅窄型混杂水河道的多级水质生态净化与生态修复的问题，方法是，主河道内设置有石块砌筑成的溢流堰，溢流堰前面有生物降固池，溢流堰后面在陡直河床内设置有半潜式人工生态滤床以及原位修复模块组合单元，在原位修复模块组合单元内依次设置有生态浮床和生态基，构成一个多级生态净化单元，多个多级生态净化单元沿河道排列固于河道内，构成多级水质生态净化系统；生态基吸附水体中污染物，同时为微生物提供栖息场所，栖息在生态基上的微生物进一步去除水中的污染物，本发明科学合理，是适用于浅窄混杂水河道的强化净化生态工程，对于河流的污染防治及生态修复具有重要意义。