本发明涉及一种沼气发酵系统的调控方法，通过逐步提高有机负荷率的方式添加原料到沼气发酵系统中，并通过对pH日降值、乙酸浓度/丙酸浓度的比值（P/A）、挥发性脂肪酸碱度/碳酸氢盐碱度的比值（IA/BA）三种数值的定期监测判定沼气发酵系统的运行稳定性，当判定系统处于不稳定状态时，通过调控进料量使沼气发酵系统再次达到稳定后，再逐步增加有机负荷率，再监测沼气发酵系统是否处于稳定状态。如此循环调控提高有机负荷率直至系统稳定达到最高允许的有机负荷率进料。本发明可以使沼气发酵系统在较高的有机负荷率条件下运行，获得较高的池容产气率。